近日，中國科學院合肥物質院健康所基因組學團隊在轉移性癌原發部位溯源領域取得新進展，開發了一種基于福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本DNA甲基化信息的預測轉移性癌癥原發部位的方法。相關研究結果表在國際期刊Nature Communications 上。 

　　識別癌癥的原發部位對于癌癥續治療至關重要。過去二十年中，針對腫瘤抗原的免疫組織化學（IHC）為最常用的檢測手段，但是該技術易受抗體質量及人為因素的影響，僅能夠判定50-65%的轉移癌的原發部位。約有3-9%的轉移癌在臨床上經系列檢查和檢測仍然無法確定其原發部位，被稱為原發灶不明腫瘤（CUP）。因此，開發精準的CUP組織溯源方法意義重大。 

　　由于DNA甲基化呈現出較強的組織特異性，是組織溯源理想的分子標志物，此前健康所基因組學團隊學科帶頭人谷紅倉研究員曾報道簡化DNA甲基化測序的技術（RRBS）（Gu et al., Nature Methods, 2010, Gu et al., Nature Protocols, 2011)。在此基礎上，谷紅倉研究員帶領團隊開發了一種使用FFPE樣本生成DNA甲基化圖譜庫的技術（FFPE-RRBS），該技術能夠檢測納克級高度降解DNA。研究人員首先對10種常見腫瘤的新鮮凍存樣本進行了RRBS測序，構建了高質量的原發灶訓練集（n=498）。同時，利用轉移癌的FFPE組織構建了獨立的轉移灶驗證集（n=215）。接下來，研究人員利用四種甲基化評估方法和七種機器學習方法構建了28個分類器，其中基于平均甲基化的線性支持向量機（BELIVE）表現最佳，在轉移灶驗證集上總體準確度（AUC）達到0.95。最后，研究者進行了前瞻性研究，對68名CUP患者的FFPE樣品進行了判定，敏感度達到81%（top-1）；其中前三名CUP患者的預測結果（top-3）敏感度可達93%。 

　　中國科學院合肥物質院健康所谷紅倉研究員，中國科學院分子細胞卓越創新中心石建濤研究員，杭州市腫瘤醫院馬勝林教授為本文的通訊作者。該研究工作受到國家自然科學基金、浙江省和國家衛健委等多個項目資助 。 

　　文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-023-41015-0 

　　圖1 研究流程圖 

　　圖2 FFPE-RRBS構建protocol